โรงเรียนอภัยอริยศึกษา จัดตั้งขึ้นเพื่อขยายโอกาสทางการศึกษาแก่กุลบุตรและพระภิกษุสามเณร ให้สามารถศึกษาวิชาสามัญควบคู่กับศาสนศึกษาในสภาพแวดล้อมที่เหมาะสมกับสมณเพศ

โรงเรียนมุ่งพัฒนาผู้เรียนให้เป็นศาสนทายาทที่มีความรู้ มีคุณธรรม จริยธรรม มีทักษะชีวิต และสามารถนำความรู้ไปใช้ในการศึกษาต่อ การปฏิบัติศาสนกิจ และการทำประโยชน์แก่ชุมชนได้อย่างเหมาะสม